Οι πολεμικές τέχνες της Ανατολής εμφανίστηκαν 2.000 έτη πριν. Το ιαπωνικό νησί Okinawa ήρθε σε επαφή με αρκετά είδη πολεμικών τεχνών, ειδικά εκείνων της Κίνας. Μερικά από τα χαρακτηριστικά γνωρίσματά προστέθηκαν σε μια νέα πολεμική τέχνη της Okinawa.
Το 1600, ο Ιαπωνικός στρατός εισέβαλε στην Okinawa και απαγόρευσε τη χρήση όπλων. Έτσι η τάξη των πολεμιστών ξεκίνησε να εκπαιδεύεται μυστικά σε μία μορφή αυτοάμυνας όπου δεν χρειάζονταν η χρήση όπλων χρησιμοποιώντας και βελτιώνοντας τις αρχαίες τεχνικές.
Κατά συνέπεια το σύγχρονο Karate είναι ουσιαστικά το αποτέλεσμα μίας μίξης πολεμικών τεχνών της Κίνας, της Okinawa και της Ιαπωνίας με το πέρασμα των αιώνων. Ξεκίνησε να διδάσκεται σε κοινό όχι πριν από το τις αρχές του 1900. Ο Funakoshi καθιέρωσε το πρώτο Dojo στην Ιαπωνία το 1936.
Η Οργάνωση Karate της Ιαπωνίας (JKA) δημιουργήθηκε το 1955 από τον Funakoshi ως τον κύριο Αρχιεκπαιδευτή.
Το όνομα Shotokan προέρχεται από το Shoto που είναι το ψευδώνυμο του Funakoshi & το Kan που στα ιαπωνέζικα σημαίνει αίθουσα.
Η κατασκευή του Shotokan Dojo (του κτιρίου), άρχισε το 1953, για να ολοκληρωθεί την επόμενη χρονιά. Το Dojo βρισκόταν στην συνοικία Meijuroko, στο Τόκιο.Τα χρήματα προήλθαν από έρανο που οργανώθηκε σε όλη τη χώρα.
Στην αρχή, το Shotokan υποδείκνυε το κτίριο και όχι το στυλ. Shoto, σημαίνει «κύματα πεύκου» (η κίνηση των βελονών του πεύκου όταν ο άνεμος φυσάει ανάμεσα τους), και ήταν το καλλιτεχνικό ψευδώνυμο του Funakoshi, που χρησιμοποιούσε στα ποιητικά και φιλοσοφικά γραπτά του αλλά και στα μηνύματα στους μαθητές του.
Το Ιαπωνικό kan σημαίνει «σπίτι» ή «οίκος». Για να τιμήσουν τον δάσκαλό τους, οι μαθητές του Funakoshi έφτιαξαν μια επιγραφή που διαβαζόταν shōtō-kan, την οποία τοποθέτησαν πάνω από την είσοδο της αίθουσας που δίδασκε ο Funakoshi. Ο Gichin Funakoshi ποτέ δεν έδωσε στο στιλ του όνομα, απλά το έλεγε Karate .
Tο 1922, ο Gichin Funakoshi, με την πρώτη επίδειξή του, δεν αρκέστηκε στο να δείχνει μόνο τεχνικές, τις εξηγούσε και τις σχολίαζε, και αυτό ικανοποιούσε πολύ όσους τον παρακολουθούσαν. Η πλειοψηφία των πιο γνωστών στις μέρες μας Ιαπώνων δασκάλων διαφόρων στυλ Karate, πέρασαν κάποια στιγμή από το Shotokan πριν να δημιουργήσουν τα δικά τους στυλ .
Το Shotokan (Dojo)καταστράφηκε από τους βομβαρδισμούς των Αμερικάνων το 1944-1945 και ξανακτίστηκε μετά τον πόλεμο, από τους μαθητές του Gichin Funakoshi.
